挪用公款罪与贪污罪是具有不同社会危害性的两种犯罪。这两种犯罪对犯罪客体，即公共财产权的侵犯程度不同。贪污罪侵犯的是公共财产所有权中的占有、使用、收益、处分权四种权能，而挪用公款罪只侵犯公款的占有、使用和收益权。在一般场合，两者的界限是容易划分的，但在一些特殊的案件中，如行为人挪用公款后产生了非法占有故意的情形下，定性上可能发生混淆。
1，两者侵犯的客体不同。两种犯罪虽然都侵犯公共财产权，但侵犯程度不同，社会危害性也就不同。贪污罪侵犯的是公共财产所有权中的占有、使用、收益、处分等全部权能，而挪用公款罪只侵犯公款的占有、使用和收益权。
2，两者主观故意的内容不同。贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还;而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。判断挪用公款是否转化为贪污，应当按照主客观相一致的原则，具体判断和认定行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。
3，两者的行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、帐目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞;而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。在挪用公款案件中，行为人通常会在帐面上留下痕迹，甚至会留下借款凭证，没有平账举动，因而通过查账能够发现公款被挪用的事实。
对此有两种不同意见。第一种意见认为，行为人挪用公款后携带部分所挪用的公款潜逃，说明其挪用公款的故意及行为已经发生转变，不论是潜逃前的行为还是潜逃后的行为，均符合贪污罪的犯罪构成，应对整体行为认定贪污罪，犯罪数额为行为人所挪用的全部数额。第二种意见认为，行为人携带部分所挪用的公款潜逃的，应以贪污罪论处。至于行为人潜逃前的行为如何认定，则应具体问题具体分析。