１、两者法律关系主体不同
工伤事故赔偿产生于有劳动关系的用人单位与劳动者之间，获得赔偿的权利人是因工伤事故遭受人身损害的劳动者，赔偿义务人是与劳动者有劳动关系的用人单位。因此，工伤事故赔偿法律关系主体之间具有劳动关系、为劳动合同的双方当事人，是其显著特征。而交通事故赔偿法律关系主体之间则无此特殊要求。
２、适用的法律、法规不同
工伤事故赔偿属于劳动法规定的工伤保险责任范畴，适用《劳动法》和《工伤保险条例》的规定。交通事故赔偿属于民事侵权责任，适用《民法典》、《道路交通安全法》和最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件若干问题的解释》等法律、司法解释的规定。
３、两者归责原则不同
工伤事故赔偿适用无过错责任，不管劳动者对工伤事故的发生是否有过错，用人单位均承担完全的赔偿责任。
而交通事故赔偿一般适用过错责任，即对事故的发生有过错才承担赔偿责任。
４、两者主张权利的时效不同
根据《劳动法》第82条规定，劳动者应当自争议发生后60日内申请劳动仲裁，逾期即丧失了主张权利的胜诉权。
５、两者主张权利的程序不同
根据《工伤保险条例》、《劳动法》规定，工伤事故赔偿应当先行申请工伤认定和劳动争议仲裁，对仲裁裁决不服的，才可向人民法院起诉。而交通事故赔偿则没有该前置程序，根据《道路交通安全法》第７４条规定，公安交通管理部门在做出《交通事故责任认定书》后，如果双方当事人未申请调解或调解未能达成协议或调解书生效后一方未履行协议的，就可向人民法院起诉。
６、两者赔偿的项目、内容不同
根据《工伤保险条例》和最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件若干问题的解释》的规定，两者获得赔偿项目及内容是不同的。